Taun-taon ay may nangyayaring mga kontrobersiyal na desisyon, at ang pinakamatindi nga ay noong nakaraang taon kung kailan naisipan nilang ang top grosser ang siyang best picture na taliwas sa criteria ng lahat ng festivals at awards sa kahit na saan. Karaniwang ang pinakamahuhusay na pelikula ang best picture. Diyan lang sa MMFF nakabase sa kita ang pagiging best picture.
Marami ang nagsasabi na di hamak na mas maayos ang festival noong ang industriya ang nagpapatakbo nito, at pumalpak nga lang dahil sa maling handling nitong mga nakaraang taon. Hindi naman siguro kailangang ipagdikdikan pang ang mga nangangasiwa kasi ay mga wala namang kinalaman sa industriya ng pelikula.
Pero mukhang hindi ibibigay ng MMDA ang festival sa industriya, kaya ang nagiging attitude naman ngayon ng marami, hindi na sila sasali sa festival at pababayaan na lang na ang dalawang kumpanyang gumagawa ng lahat halos ng film entries ang sumali. Sa loob ng_ ilang taon nang nakararaan, puro mga pelikula na lang ng Regal at OctoArts ang isinasali sa festival na yan.
Nitong mga nakaraang taon, halata na ang kawalan ng kooperasyon ng mga tao ng industriya ng pelikula dahil sa kawalang gana sa sistema ng film festival.
Marami ang nagsasabing siguro dapat ngang ituloy ng KAPPT ang nasimulan noon ni Kuya Germs na project na magpa-drug test ang mga artista, bagama’t may nagsasabi naman na yon ay maaaring labag sa human rights ng mga artista. Pero sana nga malinis naman ang pangalan ng mga artista sa mga bagay na yan.