Ang sanhi ng endometriosis ay hindi pa natutukoy.
May isang teyorya na ang endometrial tissue ay naiipon sa mga hindi pangkaraniwang lokasyon dahil sa pag-urong ng menstrual debris sa Fallopian tubes patungong pelvic at abdominal cavities na tinatawag na retrograde menstruation na hindi pa lubusang nauunawaan.
Malinaw na ang retrograde menstruation ay hindi ang tanging dahilan ng endometriosis.
Dahil maraming babae na may retrograde menstruation ang hindi nagkakaroon ng endometriosis.
Isang posibilidad ay ang pagkakaroon ng primitive cells sa mga bahagi ng pelvic organs na nagiging tissue, tulad ng endometrium.
Puwede ring lumilipat ang endometrial tissues kapag inooperahan kaya nagkakaroon ng endometriosis implants sa surgical scars (peklat ng episiotomy o Cesarean section).
Ang paglipat ng endometrial cells sa pamamagitan ng bloodstream o lymphatic system, ang may katanggap-tanggap na paliwanag para sa mga pambihirang kaso ng endometriosis na nakikita sa utak at iba pang organs bukod sa pelvis.