Isa ang Baclayon Church sa Bohol sa mga pinakamatatandang simbahan sa Pilipinas.
Itinatag ang simbahan ng mga paring Heswitang sina Juan de Torres at Gabriel Sanchez noon 1596 at naging pinakamatandang Kristiyanong pamayanan sa Bohol. Naging parokya ito noong 1717 at nakumpleto ang kasalukuyang gusaling yari sa koral noong 1727.
Pinagtulung-tulungan ito ng 200 na manggagawa na taga-Bohol. Ang mga ito ay lumusong sa dagat para kumuha ng malalaking corals na kanilang hinati-hati para magkasya sa nakalapat na disenyo ng simbahan. Para “simentuhan” ang mga corals, dalawang milyon na itlog ang kanilang ginamit.
Sa hindi inaasahang pagkakataon, isa ang Baclayon Church sa mga heritage sites sa Bohol na nasira ng isang 7.2 magnitude na lindol na tumama sa probinsya noong 2013.