Nagpatuloy ang tension sa relasyon ng mga Pilipino at Amerikano. Lumubha pa ito nang maganap ang isang pangyayari sa tulay ng San Juan. Noong gabi ng Pebrero 4, 1899, nagpaputok ang isang Amerikanong bantay. Sa pagpapahinto niya sa pagtawid sa tulay ng isang sundalong Pilipino, napatay niya ito at ang dalawa pa nitong kasama. Sa pangyayaring ito nagsimula ang digmaang Pilipino-Amerikano. Nagpadala si Pangulong McKinley ng dalawang magkasunod na komisyon sa Pilipinas upang alamin ang kalagayang panlipunan at pampulitika ng mga Pilipino.