KASO ito ng PSPC na nagpoproseso ng laman ng alimango at iba pang lamang-dagat na pang-export sa labas ng Pilipinas. Nakarehistro ito sa BOI sa ilalim ng (Certificate of Registration) No. EP 93-219. Anim na taon itong pinayagan na hindi magbayad ng buwis mula Hulyo 1993 hanggang Hulyo 1999 dahil nakapuwesto ang kompanya sa isang hindi pa maunlad na lugar. Nagbigay pa nga ng dagdag na palugit sa kompanya hanggang Agosto 2000.
Noong Hulyo 21, 1997, nakuha ng PSPC ang karapatan na gamitin ang mga pasilidad ng kapwa kompanya nito, ang PSPI. Pansamantalang nasuspinde ang operasyon ng PSPI kaya’t ang PSPC muna ang gumamit ng lahat ng planta at makinarya ng una sa Cebu City. Inilipat ng PSPC ang opisina nito mula Bacolod City at nagsumite ng panibagong aplikasyon sa BOI. Binigyan ng BOI ang PSPC ng apat na taong pribilehiyo sa pagbabayad ng buwis sa ilalim ng CR VI EP 2000-02. Kaya lang, sa sumunod nitong sulat noong Setyembre 25, 2003, ipinaalam ng BOI sa PSPC na ang nasabing pribilehiyo ay mula lamang Agosto 13, 1999 hanggang Oktubre 21, 1999. Humingi ng rekonsiderasyon ang PSPC ngunit hindi ito pinagbigyan. Inapela ng PSPC ang desisyon sa opisina ng Presidente ng Pilipinas.
Noong Setyembre 22, 2004, hindi pinagbigyan ng opisina ng Presidente ang nasabing apela. Wala raw itong kapangyarihan na magdesisyon sa kaso. Nang humingi ng rekonsiderasyon at hindi pa rin pinagbigyan, nag-apela na ang PSPC sa CA noong Abril 5, 2005. Kinuwestiyon nito ang pakakabasura ng apela sa opisina ng Presidente. Hindi rin inaksyunan ng CA ang apela ng kompanya. Lampas na raw sa oras nang magsumite ng apela ang kompanya bukod pa sa maling paraan ang ginamit. Ginigiit naman ng PSPC na may kapangyarihan ang Presidente na pakialaman at baguhin ang mga desisyon ng mga ahensiya ng gobyerno tulad ng BOI. Tama ba ang PSPC?
MALI. Ang karapatang umapela ay hindi isang karapatang likas, katutubo o ipinagkaloob ng ating Saligang Batas. Ito’y isang pribilehiyo lamang na pagkaloob ng batas. Samakatuwid, makakapag-apela lamang kung pinapayagan ito ng nasabing batas.
Ang BOI ay isang ahensiya ng gobyerno na nangangasiwa sa pagbibigay ng mga benepisyo alinsunod sa EO 226 o ang tinatawag natin na Omnibus Investments Act. Ito ang nagdedesisyon sa mga aplikasyon, pagkansela, pagsuspinde at pati na rin pagresolba ng mga kontrobersiya na may kinalaman sa nasabing batas. Sa ilalim ng nasabing batas, dalawa lamang ang paraan para makapag-apela sa desisyon ng BOI, una, umapela sa opisina ng Presidente ng Pilipinas sa ilalim ng Art. 7 at 36 o kung ang usapin ay may kinalaman sa pagrerehistro ng kompanya. Ang pangalawang paraan naman ay dumirekta agad sa korte alinsunod sa Art. 50 at 52.
Malinaw na walang ibinigay na paraan sa E.O.226 kung paano umapela sakali at tanggalin ng BOI ang mga pribilehiyong ibinigay nito. Sa kasong ito, dapat na nag-apela ang PSPC direkta sa CA. Hindi sa lahat ng oras ay maaaring pakialaman ng OP ang mga desisyon ng ahensiya sa ilalim ng pamamahala nito (Philips Seafood Corp. vs. BOI, G.R. 175787, February 4, 2009).