Napangasawa niya ang isang dilag na nagngangalang Monica ngunit maaga siyang namatay sa karamdamang ketong. Ang pangalawang asawa ni Bonifacio ay si Gregoria de Jesus na tubong Caloocan na tinaguriang lakambini ng Katipunan. Silay kinasal sa simbahan ng Binondo.
May dalawang konseho ang Katipunan. Si Bonifacio ang namuno sa Magdiwang at si Emilio Aguinaldo naman sa grupong Magdalo. Ang liderato ni Bonifacio ay kinuwestiyon ni Aguinaldo na naging dahilan ng pagkakasira ng dalawang pinuno sa isang convention na ginanap sa Tejeros, Cavite noong 1897. Inakusahan ng treason si Bonifacio at matapos ang madaliang pagdinig siyay pinatay ng mga tauhan ni Aguinaldo noong Mayo 10, 1897.