Nagsimula ang problema kay Misuari matapos nitong labagin ang kasunduang pangkapayapaan sa pamahalaan noong 1996. Sinalakay ng mga tauhan nito ang mga base militar sa Sulu na ang tangka ay guluhin para huwag matuloy ang ARMM elections noong Nobyembre 26.
Bagamat hindi nagtagumpay sina Misuari, mahigit sa 100 katao mula sa panig ng militar at MNLF ang namatay. Tumakas si Misuari subalit nadakip ng Malaysian authorities.
Sinampahan ng kasong rebellion si Misuari at ilan niyang tauhan sa Jolo Regional Trial Court sa pamamagitan ni acting Provincial Prosecutor Manuel Tatel. Dahil capital offense ang demanda, walang piyansa para kay Misuari at mga kasama.
Ayon pa sa ilang mga opisyal, sinisiyasat din ang mga alegasyong katiwalian laban kay Misuari bilang ARMM governor. May mga alegasyon pa rin na maaaring ginamit pa raw nito ang pondo ng pamahalaan upang bumili ng mga armas.
Kung totoong marami ang hindi nasiyahan sa panunungkulan ni Misuari, hindi dapat dinaan sa dahas ang kanyang pagtugon sa mga reklamo laban sa kanya. Ngayon ang hamon ng lipunan kay Misuari: harapin nito ang mga kasong kinasasangkutan ngayon. Abangan!