Masyado ngang lumaki ang ulo ni Misuari at hindi agad siya nasuweto. Noong May 2000, nagpakita nang pagkagat si Misuari sa gobyerno ni dating President Estrada. Marami siyang ginawang kamalian. Nang magtalumpati noon si Misuari sa 27th Islamic Conference sa Jeddah, Saudi Arabia, sinabihan niya ang gobyernong sinungaling at hindi seryoso sa pagpapatupad ng peace agreement sa MNLF.
Sa loob ng limang taong paninilbihan ni Misuari sa ARMM ay wala siyang naipakitang pruweba na naiangat niya ang kalagayan ng kanyang mga nasasakupan. Patuloy ang paghihirap doon. Walang tigil ang sagupaan ng mga rebeldeng Moro Islamic Liberation Front laban sa mga government troops. Lumala ang pangingidnap ng mga Abu Sayyaf.
Sa nangyayaring pagbabalik niya sa pakikipaglaban sa pamahalaan, para siyang ahas na tinuka sa kamay ang nagpakain sa kanya. Noong 1998, ibinigay sa ARMM ang P18 billion at naglaan ng P460 million para livelihood and infrastructure projects sa North Cotabato. Nagpagawa ang pamahalaan ng irigasyon at mga tulay na nagkakahalaga ng bilyong piso. Noong 1997, isinanib ang may 6,000 MNLF integrees sa Philippine National Police at Armed Forces of the Philippines.
Bukod sa pagiging ARMM governor, si Misuari rin ang namumuno sa Southern Philippines Council for Peace and Development (SPCPD).
Ngayon, pagkaraan ng mga ibinigay sa kanya ng gobyerno ay nakuha pang kumalas ni Misuari at binalikan ang pamumundok. Dapat na siyang turuan ng leksiyon. Mahirap kung hindi mapupuksa ang ahas na kumakagat sa nagpakaing palad.