Sinampahan ng mga kasong multiple murder at frustrated murder sa Manila Regional Trial Court ang mga suspects na sina Fathur Rohman Al Ghozi, Muklis Yunos at mga kasamahan nitong sina Alim Pangalian, Solaiman Abubakar Bafana Faiz, Isamuddin Riduan, Zalanf Paks, Salman Moro, Ustad Said at Mahammad Amir.
Ayon kay State Prosecutor Peter Ong, naging malaking ebidensya sa mga suspects ang ginawang pag-amin ni Muklis sa harapan ng prosecution na siya ang naglagay ng bomba sa loob ng Light Rail Transit-Coach 3 noong Disyembre 30,2000 habang si Al-Ghozi ang siyang gumawa umano ng bomba at naglagay ng mga wirings. Ginamit ding ebidensya ng prosekusyon ang isang passenger manifesto ng Malaysian Airlines flight MH-0704 na dumating sa Maynila noong Disyembre 1,2000 na nagpapatunay na plinano ang pagpapasabog ng mga suspects.
Nadakip si Al-Ghozi matapos na makuhanan ito ng malalakas na pampasabog kung kaya tanging illegal possession of explosives ang unang naisampa laban dito kasunod ay nahuli rin si Muklis sa Cagayan de Oro Airport makaraang makuhanan ng malalakas na uri ng pampasabog at kalibre ng baril. (Ulat ni Grace Amargo)