Ito’y matapos magsulputan ang mga kamag-anak ng nawawalang pasahero sa kanyang tanggapan at kumpirmahin ng mga kapwa pasahero na nawawala din ang kanilang kasama at wala sa talaan ng nailigtas at nakuhang mga bangkay.
Samantala, sinibak ni Lista ang head ng kanyang station commander sa Coron, Palawan matapos makalusot ang 18 pasahero na wala sa manipesto.
Iimbestigahan din si Chief Petty Officer Romeo Magallado kung bakit nagawang makasakay ng 18 nang hindi nagpaparehistro.
Samantala, sinabi ni Lista na gagamitin sa Marine Board Inquiry ang mga nakalap na salaysay ng mga pasaherong nakasaksi sa pangyayari. Mas dapat anyang asahan ang mga pahayag ng mga biktima kaysa mga opisyal at crew ng dalawang barkong sangkot sa banggan. Nagtuturuan na ang mga opisyal at crew ng Super Ferry 12 at M/V San Nicolas kung alin sa dalawang barko ang bumangga.
Kasabay nito, pinabulaanan ni Lista na tumigil na ang isinasagawang search and retrieval operations. Kahit anya masama ang panahon, "round-the-clock" ang ginagawang paghahanap sa mga bangkay.