Sa kanyang liham kay Pangulong Arroyo, pangunahing dahilan ni Alvarez sa kanyang pagbibitiw ay upang hindi na mahila pa ang Pangulo sa intriga.
Agad namang hinirang ni Pangulong Arroyo si outgoing PNP chief director Gen. Leandro Mendoza bilang bagong kalihim ng DOTC.
Ayon kay acting Press Secretary Silvestre Afable, ikinalungkot ng Pangulo ang pagbibitiw ni Alvarez subalit obligado itong tanggapin dahil irrevocable ang resignation na may petsang June 10.
Sinabi pa ni Alvarez sa kanyang liham na maraming kinakaharap na problema ang bansa kung kayat ayaw pa nitong makabigat pa sa Pangulo.
Ang pagbibitiw ni Alvarez ay matapos na muling italaga ito ng Pangulo noong June 5 kahit 7 beses na itong na-bypassed sa CA.
Ayon pa kay Alvarez, nagdesisyon siyang bumaba sa puwesto upang matigil na ang kanyang mga kalaban sa paninira sa kanya ng ilang grupong matagal nang nananawagan sa kanyang pagbibitiw.
Nauna rito, maraming alegasyon na anomalya laban kay Alvarez at umabot pa sa puntong pagpapalabas ng mga paid advertisement.
Kabilang ang akusasyong iniharap ng MIA-NAIA Sevice Operators at Scrap PIATCO Deal Coalition na tumutuligsa sa kumpirmasyon nito at hinggil sa umano’y pagkakasangkot ng DOTC sa kontrobersiyal na multi-million deal para sa pagtatayo ng NAIA terminal 3.
Matapos magsumite ng irrevocable resignation ay palihim na umalis ng bansa kahapon si Alvarez upang magpalamig muna umano at magpalipas ng sama ng loob.
Nabatid na hindi na umano nag-request ng VIP accomodation si Alvarez at nanatiling nakaupo ng tahimik sa departure lounge ng NAIA hanggang sa sumakay ito sa Cathay Pacific flight CX 900 patungong Hong Kong dakong alas-12:05 ng tanghali.
Kasabay nito, sinabi naman ni Afable na posibleng hindi na tapusin ni Gen. Mendoza ang pinalawig nitong panunungkulan bilang hepe ng PNP hanggang Setyembre ngayong taon.
Tiniyak naman ng Palasyo na ang papalit kay Mendoza ay si PNP deputy director Gen. Hermogenes Ebdane.
Nangako naman si Mendoza na aayusin ang mga problema sa DOTC at isusulong ang pag-unlad ng nasabing tanggapan. (Ulat nina Ely Saludar at Butch Quejada)