Ayon sa Pangulo, batay sa resulta ng internal investigation ng kanyang administrasyon ay napatunayang hindi totoo ang alegasyon ni Fr. Cirilo Nacorda na may opisyal ng military ang kasabwat umano ng Abu Sayyaf.
Nag-ugat ang akusasyon ng pari matapos na malayang makatakas ang mga bandido sa kordon ng militar ng sumalakay ang mga ito sa Dr. Jose Torres Hospital sa Lamitan, Basilan.
Kabilang sa mga opisyal na inakusahan ni Father Nacorda ay sina Brig. Gen. Romeo Dominguez at Col. Jovenal Narcise.
Sinabi ng Pangulo na kuntento na siya sa resulta ng imbestigasyon na nag-aabsuwelto sa ilang military officials, pero nilinaw nito na bagamat nakalusot ang military sa internal investigation ng Palasyo ay hindi naman ito makakaapekto sa isinasagawang imbestigasyon ng Kongreso.
Binigyang diin ng Pangulo na makabubuti sa publiko ang imbestigasyon sa nasabing alegasyon na sabwatan para magkaroon ng linaw ang naturang usapin. (Ulat ni Ely Saludar)