Sinabi ng AFP Spokesman Brig. Gen. Edilberto Adan na mabigat ang akusasyon na binitiwan ni Fr. Nacorda, kaya’t kakausapin nila ito ng masinsinan upang malaman kung may basehan ang mga paratang nito at kung sinong Army Colonel ang nagsabi sa kanya na nagbunsod para ibulgar ang kapalpakan umano ng heneral.
Ayon pa kay Adan, kailangan rin nilang matiyak kung walang bahid na pulitika ang biglang paglalantad at pagbubulgar ni Fr. Nacorda.
Batay sa akusasyon ni Fr. Nacorda, isang army general umano ang nag-utos sa sinibak na si Col. Juvenal Narcise,dating Commander ng 103rd Brigade sa Basilan na paatrasin ang nakapalibot na tropa ng sundalo sa Jose Torres Memorial Hospital kung kaya’t nakatakas ang nakorner na grupo nina Abu Sayyaf leader Khadaffy Janjalani at Spokesman na si Aldam Tiglao alyas Abu Sabaya.
Hindi man direktang tinukoy ay nahagip ng pasaring ng pari si Brig. Gen. Romeo Dominguez, dating Commander General ng Army’s 1st Infantry Battalion at dating chief ng Joint Task Force Comet na naatasang dumurog sa mga bandido at magliligtas sa nalalabi pang mga bihag.
Si Dominguez ay natanggal sa posisyon at inilipat ng destino bilang Commanding General ng 8th Infantry Division sa Visayas Region.
Subalit sinabi ni Adan na hindi sila basta maniniwala na sangkot ang mga senior officers ng AFP sa ganitong klaseng kontrobersiya dahil kung tutuusin ang mga ito ang nagsasakripisyo ng buhay sa paglaban sa mga bandidong Abu Sayyaf. (Ulat ni Joy Cantos)