Pinuna ni Perez na, sa naunang imbestigasyon ng NBI, lumitaw na walang kinalaman si Estrada sa naturang mga mansion bagaman naglitawan sa impeachment trial ng Senado ang matitibay na ebidensya na nag-uugnay sa dating Pangulo sa mamahaling mansion na tinirhan ng mga kalaguyo nito. Tinagubilinan din ni Perez si Wycoco na siyasatin din agad ang pagkawala ng public relations man na si Salvador "Bubby" Dacer na malaki ang maitutulong sa imbestigasyon sa mga kaso ni Estrada.
Pinaimbestigahan din ni Perez ang pambobomba sa Light Rail Transit noong Disyembre 30, 2000 na pumatay ng 18 tao at sumugat sa may 100 biktima.
Samantala, ilang opisyal ng NBI ang nagsabi na mahihirapan si Wycoco na makuha ang tiwala at suporta ng mga ahente at empleyado ng ahensya dahil isa siyang tagalabas bukod sa hindi siya abogado.
Pero pinabulaanan ito ni NBI-Public Information Chief Alex Carbonell kasabay ng pagdidiin na buo ang suporta nila kay Wycoco dahil ito ang itinalaga ni Pangulong Gloria Macapagal-Arroyo. (Ulat nina Grace R. Amargo at Ellen Fernando)